孙昌惕教授生于1920年，福建省闽侯县人。1947年毕业于华西大学医学院，同年任该医学院附属医院的外科住院医师。1950年在北大医院任外科住院医师。1953年起专攻泌尿外科，先后任住院医师、主治医师及主任医师。1963年被聘任为北京医学院泌尿外科副教授，同年建立泌尿外科研究室。1981年参加建立北京医学院泌尿外科研究所。1981年至1986年任北大医院泌尿外科主任。1981年起任中华医学会泌尿外科学分会第一、第二届委员会委员。1981年任《中华泌尿外科杂志》第一届编辑委员会副总编辑及常务编委。

孙昌惕老师从事泌尿外科事业60年，长期致力于泌尿生殖系结核、肿瘤、结石、外伤及前列腺增生等疾病的诊治和研究。针对一侧结核对侧肾积水、晚期泌尿系结核，提出在病程不同阶段应用最佳的诊断治疗方法，包括各种尿路造影、肠道在泌尿外科手术的应用、部分切除治疗早期肾结核及药物治疗，其疗效达到国际水平。在结石方面建立尿石的化学分析，在尿石症中甲状旁腺腺瘤及腺癌的诊断和治疗，以及尿酸结石及胱氨酸结石的诊断及溶解均有治疗成功的报道。1980年开始尿动力学的研究。共发表专业论文20余篇。曾获得北京市人民政府及北京医学院成果奖。1981年起共培养硕士研究生4名，培训各地进修医师数百名。

中华医学会泌尿外科学分会第一、二届委员会委员，《中华泌尿外科杂志》第一届编委会副总编辑，原北京大学第一医院泌尿外科主任孙昌惕教授，因病医治无效，于2012年11月9日8时15分不幸逝世，享年92岁。